Il y a une quantité de manifestations pathologiques chez les poissons qui ne sont pas causées par des microbes ou des parasites, mais dues à des troubles du développement, à des défauts héréditaire à des "faiblesses de constitution". On peut même parfois parler de dégénérescence. Déjà les oeufs fécondés présentent souvent, des défauts de développement peut-être consécutifs, en partie, à une fécondation trop tardive : lorsqu’ils ne sont pas pondus à temps, les oeufs peuvent donner des avortons et des monstres doubles (frères siamois). En cas de fécondation artificielle, c’est plutôt l’inverse qui se produit : les oeufs qu’on prélève sur une femelle peuvent n’être pas tout à fait mûrs, et c’est la cause probable de l’hydropisie de la vésicule vitelline que tous les pisciculteurs connaissent bien : la vésicule vitelline est gonflée d’un liquide clair qui engendre de l’anémie, et une grande proportion des embryons meurent. On observe le même phénomène avec les oeufs d’une femelle blessée ou malade. De plus, on a remarqué que des oeufs hybrides, c’est-à-dire fécondés par croisement, par exemple entre truite et omble, donnent des embryons délicats, qui ont tendance à l’hydropisie vitelline.
Les malformations ne sont pas rares chez les poissons adultes, chez qui l’on trouve souvent, par exemple, des déviations et des raccourcissements de la colonne vertébrale (scoliose et lordose), ou des soudures de plusieurs vertèbres (pléco-spondilie). Le raccourcissement de la mâchoire (en tête de bouledogue) n’est pas rare, de même que l’atrophie des nageoires. Chez certains corégones, l’inégalité de développement des deux lobes de la nageoire caudale est presque la règle. Les nageoires dorsales ou caudales peuvent manquer complètement. Il faut aussi considérer comme un défaut de constitution l’irrégularité ou l’absence partielle ou totale des écailles, telle qu’on l’observe ordinairement chez les carpes-miroir d’élevage, ainsi que l’absence du brillant argenté, due au manque de guanine, l’albinisme ou absence de pigment noir (donnant les races aberrantes dorées et argentées), ou inversement, l’excès de pigment avec une coloration entièrement noire, ou mélanisme. Dans aucun de ces cas on ne peut déceler de cause externe à l’anomalie. Les pisciculteurs élèvent souvent ces individus exceptionnels et en obtiennent des races pures, ce qui montre bien qu’il s’agit de caractères héréditaires.
Divers savants ont proposé de considérer comme défauts de la constitution les tumeurs qui ne sont pas dues à des microbes connus ni à des facteurs externes, comme par exemple la tuméfaction des lamelles branchiales, qui n’est pas rare chez la truite. Les poissons qui en sont atteints sont très fragiles. Les parties épaissies peuvent devenir gangreneuses et les branchies se désagrègent. On ne connaît pas encore l’agent de cette maladie, et on ne peut pas non plus l’attribuer à des conditions du milieu; je pense qu’il n’y a pas lieu de la considérer simplement comme un défaut de constitution, et on trouvera sans doute plus tard un facteur responsable.
Il en est de même pour la variole (ou poquettes) : dans beaucoup de carpières, mais aussi en eau libre, on trouve sur des carpes, des tanches, des gardons, des brèmes et des sandres, des boutons d’un blanc laiteux qui sont d’abord gélatineux puis deviennent coriaces comme du cartilage. Au microscope, on ne distingue qu’une prolifération des cellules superficielles de la peau. Ce n’est qu’un défaut esthétique qui diminue la valeur marchande du poisson, mais qui ne semble pas avoir d’inconvénient pour sa santé. Jusqu’à présent on ne connaît ni le microbe, ni la cause externe de cette variole. Elle n’est pas contagieuse, et les poissons atteints peuvent être consommés sans inconvénient.
De nombreuses autres tumeurs des poissons ne sont pas dues, pour autant qu’on le sache jusqu’à présent, à des facteurs précis, et n’apparaissent qu’isolément chez tel ou tel individu. Elles n’ont par conséquent pas beaucoup d’importance au point de vue économique, quel que soit leur intérêt scientifique. Les plus fréquentes sont les tumeurs de la thyroïde, ou "goîtres". Selon les tissus atteints par ces tumeurs, on les divise, par analogie avec la pathologie humaine, en fibromes, sarcomes, adénomes, myomes, etc. Dans quelques cas on a observé des tumeurs malignes, cancéreuses, dont les cellules prolifèrent et pénètrent dans d’autres tissus et organes sains. Mais là non plus il ne semble pas y avoir de danger de contagion pour les autres poisson.
