Bien que ces organismes fassent partie du règne végétal, nous avons préféré leur consacrer un chapitre spécial en raison de leur mode de nutrition bien particulier et aussi des propriétés pathogènes que présentent certains d’entre eux.
Les bactéries sont des êtres extrêmement petits dont la taille varie d’un à quelques millièmes de millimètre. Le microscope électronique, a même permis dernièrement de mettre en évidence des ”microbes” encore beaucoup plus petits. Les bactéries vivent à l’état isolé (microcoques, spirilles, bacilles), soit associées par deux (diplocoques), soit en colonies plus nombreuses (staphylocoques), ou encore associées en chaînes (streptocoques).
Elles se multiplient parfois avec une grande rapidité, pouvant donner une nouvelle génération toutes les vingt minutes. Un très petit nombre de bactéries sont autotrophes; la plupart sont hétérotrophes et vivent en saprophytes ou en parasites.
Les premières tirent leur alimentation de substances minérales contenues dans les eaux et utilisent, semble-t-il, l’énergie solaire; les secondes se nourrissent soit de cadavres animaux ou végétaux, soit de substances prélevées sur des êtres vivants. Dans ce dernier cas, elles sont, souvent pathogènes.
Un grand nombre de bactéries aquatiques habitent la masse même de l’eau, mais leur habitat de prédilection est le fond, puisque c’est là que se réunissent toutes les substances organiques solides inanimées. La vase est constituée en grande partie des produits de décomposition de ces substances par les bactéries, surtout les anaérobies, c’est-à-dire celles qui peuvent se multiplier en l’absence d’oxygène.
La température agit grandement sur la multiplication des bactéries. La plupart ont un optimum compris entre 30 et 40° C; c’est pourquoi les fermentations sont beaucoup plus rapides en été qu’en hiver. Certaines d’entre elles, cependant, sont encore capables d’une grande activité au voisinage de 4° C. seulement. Suivant leur espèce ou, suivant le groupe auquel elles appartiennent, les bactéries ont des fonctions bien spéciales.
Les bactéries de la putréfaction décomposent la matière organique formée de grosses molécules très complexes, la dégradent comme on dit, et la ramènent à l’état minéral. La minéralisation complète n’est pas le fait d’une seule espèce de bactérie, mais de plusieurs : l’une commence la dégradation ; les produits de décomposition déjà plus simples sont repris par une autre, qui les simplifie encore, et ainsi de suite jusqu’au retour à la forme minérale.
Le rôle des bactéries de la putréfaction est donc immense : c’est grâce à elles que la surface de la terre est débarrassée des détritus qui la rendraient inhabitable, et c’est leur fonction de dégradation qui, restituant au sol et aux eaux les sels nutritifs qui leur ont été empruntés par les êtres organisés, en empêchent l’appauvrissement et en maintiennent la fertilité. La régression de la matière de la forme organique vers la forme minérale, par le truchement des bactéries, ne se fait cependant pas toujours sans dommage pour les êtres vivants : ce travail est accompagné d’une forte absorption d’oxygène, d’un dégagement de gaz carbonique et de la libération de produits intermédiaires parfois fort toxiques. C’est pourquoi la décomposition massive, en été ou en automne, des plantes aquatiques mortes dans les étangs, provoque si souvent une hécatombe de poissons. C’est aussi la raison pour laquelle le seul fait de déverser chaque jour, dans une rivière ou un ruisseau, des substances organiques cependant non toxiques par elles-mêmes (résidus de laiteries, de tanneries, d’abattoirs, etc.) provoque un abaissement permanent de la quantité d’oxygène dissous disponible et, en conséquence, la disparition de poissons exigeants comme les salmonidés.
Il existe des bactéries nitrifiantes qui ont le pouvoir de fixer l’azote atmosphérique (azotobacter). Ces organismes ont donc une influence très favorable, puisqu’ils apportent au sol et aux eaux un engrais indispensable sous forme de nitrates. Il arrive que, dans les collections d’eau, on remarque des taches étendues couleur lie de vin; ce sont des colonies de bactéries sulfuraires, les Chromatium, qui ont la propriété de décomposer l’hydrogène sulfuré pour s’approprier le souffre et le restituer ensuite à l’état d’acide sulfurique qui, se combinant aux bases de l’eau, donne des sulfates. Ces bactéries qui détruisent un gaz très toxique pour les animaux aquatiques ont donc un rôle épurateur. Les Beggiatoa et les Thiothrix sont également des bactéries sulfuraires, mais non colorées. Elles forment des voiles blancs sur le fond des rivières polluées, voiles à mailles plus ou moins serrées ressemblant un peu à une dentelle irrégulière.
La couleur ocre que présentent parfois certains amas d’aspect floconneux est due à la présence de bactéries ferrugineuses qui précipitent le fer contenu dans l’eau, sous forme d’hydroxyde. Ces précipitations peuvent être extrêmement importantes et recouvrir complètement le fond de petits étangs. On les trouve également, localisées, dans certaines rivières à courant lent. Elles sont fréquentes dans les fossés. Les rivières recevant en permanence des déversements de matières organiques soit d’origine animale, soit d’origine végétale, sont littéralement envahies par des formations filamenteuses qui recouvrent d’une épaisse couche continue le fond, les bords et tout ce qui plonge dans l’eau : pierres, branches d’arbres, etc... Ces formations sont constituées par des bactéries ou des champignons très fins : Sphaerotilus ou Leptomitus. Parfois les deux espèces cohabitent.
La vase enfin renferme des dizaines d’espèces de bactéries protéolytiques, donc à tendance pathogène. Ces bactéries attaquent les poissons et autres êtres aquatiques et provoquent des maladies parfois épidémiques : peste rouge du brochet par exemple. On trouve également dans la vase des bactéries acido-résistantes du groupe du bacille de Koch et de celui de la lèpre. Les maladies d’origine bactérienne sont encore mal connues chez les poissons, et cette branche de la médecine vétérinaire mériterait d’être considérablement développée.
